Lámina Virtual

Digitalización, Análisis de Imagen y Acceso Web

Combinar soluciones de escaneo inteligentes y versátiles con una flexibilidad destacada.

Con la plataforma de escaneo de láminas Metafer, MetaSystems ofrece una solución versátil para la digitalización, el análisis y el uso compartido de imágenes virtuales a partir de muestras microscópicas como secciones tisulares. Utilizando sofisticados algoritmos, el software dedicado a la composición de imágenes más grandes (VSlide) genera copias digitales de alta calidad de los portaobjetos. Tales imágenes pueden incluir imágenes multifocales y metadata acerca del contenido. Con el visualizador VSViewer los usuarios pueden crear sus propias anotaciones, generar instantáneas de la imagen principal, mostrar diferentes canales de color por separado en la misma pantalla y aplicar algoritmos de mejora de contraste e intensidad. Las herramientas de Metafer permiten a los usuarios interpretar TMA, o vincular secciones seriadas de tejido. Neon integra todos los componentes del flujo de trabajo y permite el seguimiento del trabajo realizado.

Digitalización de Muestras

VSlide integra todas las ventajas de un microscopio motorizado en un sistema automatizado de imágenes moderno y de alta calidad. El sistema no presenta restricción alguna respecto a la magnificación o técnicas de observación. Aprovecha las ventajas de un microscopio y combina diferentes procedimientos para proveer un flujo de trabajo de escaneo inteligente. Así, por ejemplo, imágenes multifoco del tejido completo son adquiridas automáticamente y almacenadas de forma que el usuario pueda "enfocar" virtualmente a través de la muestra digitalizada.

Metafer lee e interpreta la información contenida en las etiquetas con código de barras, y configura el escaneo de acuerdo con ella. Un escaneo de detección previo facilita el trabajo de la captura a alta resolución del tejido completo o de áreas de interés definidas por el usuario.

La imagen virtual del portaobjetos de Metafer se genera automáticamente mientras el sistema está escaneando. Los usuarios de Metafer pueden elegir entre una variedad de formatos de archivo de resultados, entre ellos el formato VSI propietario de MetaSystems. Las imágenes VSI contienen toda la información relevante de la imagen, incluyendo detalles del canal de color, series de enfoque y anotaciones. En la red local, las imágenes VSI se leen con el versátil software de visualización (VSViewer).

Una vez que se ha creado un archivo VSI, toda la información espacial de las imágenes permanece accesible. Esto permite la reubicación precisa de cualquier región de la muestra bajo el microscopio. También es posible realizar adquisiciones posteriores de regiones seleccionadas con diferentes técnicas. Esta característica única permite establecer un número ilimitado de flujos de trabajo inteligentes. Las regiones de interés (por ejemplo, las regiones tumorales en una sección de H&E) pueden ser marcadas fácilmente en el software de visualización. Una vez que se dispone de una lista de regiones de interés, se las puede volver a escanear en cualquier momento con otras ampliaciones, métodos de contraste u otros parámetros de escaneo. Es posible realizar la selección de las regiones incluso a distancia, y la herramienta de comparación de tejidos de Metafer facilita la transferencia de las regiones a otra muestra, por ejemplo, para obtener imágenes de la misma región en secciones de tejido seriadas.

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Software de Visualización

El software gratuito de visualización de muestras digitales creado por Metafer (VSViewer) puede instalarse en cualquier ordenador con Windows con acceso a los datos de la imagen en red. La sencilla y moderna interfaz de usuario ofrece todas las herramientas de visualización habituales en las prácticas barras de herramientas. Acercamiento y zoom se realizan con el ratón y la rueda del ratón.

VSViewer dispone de muchas opciones para mostrar los metadatos de la imagen. Por ejemplo, las coordenadas, la ubicación de los campos de visión (FOV), es decir, las imágenes originales brutas de cada campo visual, pueden mostrarse como una superposición a la imagen. La barra de navegación en la parte inferior de la pantalla proporciona información constante sobre la ubicación de la muestra. Esto incluye la magnificación, el factor de zoom, el plano de enfoque y las coordenadas exactas de la ubicación.

Dos barras de herramientas de anotación facilitan resaltar las regiones de interés. La selección rápida de estas regiones genera un archivo de anotación que es leído directamente por Metafer. La herramienta de anotaciones ofrece una amplia gama de herramientas para anotar y marcar elementos en la imagen. Si la imagen actual se origina a partir de una búsqueda de objetos en Metafer, es incluso posible visualizar los objetos detectados dentro de su entorno original y agruparlos por cualquier resultado de análisis obtenido.

La ventana de la imagen puede dividirse en hasta cuatro ventanas parciales acopladas. Así es posible visualizar la misma parte de la imagen con diferentes canales de color, superposiciones, etc. Los botones de acceso rápido permiten seleccionar una cierta ampliación, ver la imagen completa y acceder a los niveles de enfoque. Por supuesto, también hay una barra de herramientas del navegador que muestra una miniatura de toda la imagen y un indicador de la sección actual. Además, es posible abrir dos imágenes diferentes, por ejemplo, de secciones de tejido subsiguientes, en dos instancias del software de visualización que también pueden vincular el factor de zoom.

Las imágenes VSI pueden ser convertidas a formatos de archivo de imagen estándar (TIFF, JPG, BMP, GIF), conteniendo metadata como escalas, anotaciones, indicaciones FOV e incluso comentarios de texto. Además, los extractos de la imagen pueden ser definidos interactivamente o por sus coordenadas, y pueden ser guardados como una imagen separada.

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Análisis de Tejidos

MetaSystems ha diseñado un sistema de herramientas de hibridación e imágenes para ser integrado en el flujo de trabajo rutinario del laboratorio de patología. El núcleo de este sistema es la combinación de sondas de ADN dedicadas a secciones de tejido con la innovadora plataforma Metafer, un sistema de escaneo de portaobjetos flexible y robusto con muchas opciones.

Las sondas de FISH XL de locus específico de MetaSystems Probes abarcan amplificaciones, deleciones o translocaciones de genes de los tejidos implicados en tumores sólidos (por ejemplo, ALK, EGFR, HER2/neu, MYC y muchos más). Las señales intensas ayudan a la interpretación en las secciones de tejido. La plataforma de escaneo Metafer genera automáticamente láminas virtuales en campo claro y fluorescencia, adquiere imágenes FISH de alta resolución y proporciona un contaje automático. Equipado con un lector automático de código de barras y el alimentador de láminas SFx80 para hasta 800 muestras, puede operar en un modo 24 horas.

  1. Como paso inicial, Metafer genera una imagen virtual en campo claro de, por ejemplo, una lámina de H&E. El patólogo selecciona sobre ella la región tumoral que necesita ser analizada para FISH. Mostrada en paralelo a la imagen de H&E, la región tumoral es fácilmente transferida a la lámina de FISH.
  2. A continuación, el portaobjetos para FISH (de una sección posterior del mismo bloque) se escanea a bajo aumento para generar una visión general.
  3. Metafer tiene ahora toda la información para iniciar la captura automática de la lámina de FISH a gran aumento. Los núcleos celulares aislados se segmentan y sus señales son contabilizadas automáticamente. Herramientas manuales de segmentación ayudan a separar los núcleos en contacto para un contaje automático inmediato hasta que se haya alcanzado el número de células a analizar. Es posible también definir un número mínimo de células a analizar, y también definir un número de lectores independientes. Más información sobre el análisis de señales en secciones de tejido puede verse aquí.
  4. Para la revisión final, el sistema presenta una sinopsis completa al patólogo, que incluye la galería de células con los resultados del contaje, la lámina virtual de DAPI que muestra las posiciones de las células analizadas, y la correspondiente lámina virtual de H&E. Cada célula puede ser rastreada hasta la sección de tejido para confirmar su ubicación dentro de la región del tumor preseleccionada.
  5. Los resultados finales pueden exportarse como datos en bruto, por ejemplo para ser procesados posteriormente por un software externo, o pueden resumirse en informes completos y adaptables por el usuario.
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Tissue Micro-Arrays

La naturaleza laboriosa de procedimientos, la escasez de material de muestras y las limitaciones en el costo de los reactivos para diagnóstico en la patología clínica de rutina han aumentado el interés en las soluciones de alto rendimiento. La técnica de microarreglos de tejidos (TMA) aborda estas cuestiones mediante la obtención de pequeños núcleos de tejido de regiones de interés en tejidos incrustados en parafina, ensamblándolos de forma similar a los arreglos y montándolos en un portaobjetos de vidrio estándar para su análisis en el microscopio. Cada uno de estos núcleos representa entonces un caso de análisis independiente.

Debido al especial diseño de este tipo de muestras, la automatización del TMA precisa las siguientes consideraciones:

  • El análisis debe tener en cuenta la disposición general del TMA,
  • Debe ser posible corregir contorsiones, rotaciones u otras aberraciones espaciales generadas durante la preparación de los portaobjetos,
  • Cada núcleo de TMA debe ser claramente identificable,
  • Los resultados de los análisis deben ser separables para que los datos puedan asignarse al núcleo único.

Con la combinación única de las capacidades de escaneo de Metafer, la herramienta integrada para el análisis de TMA y el software de digitalización de muestras, MetaSystems ofrece un paquete completo para el análisis automatizado de TMA preciso y sin esfuerzo. Una vez que se crea un microarray de tejidos (TMA), su disposición puede expresarse con el número de núcleos por fila, el número de filas del array, el diámetro de los núcleos y la distancia de los núcleos. Estos valores pueden utilizarse para generar un archivo de mapa de TMA que se utiliza como base para el análisis. Además, cada núcleo puede recibir un identificador único.

Un rápido pre-escaneo a bajo aumento se utiliza para generar un mapa de la lámina actual. El resultado del pre-escaneo se muestra junto al mapa TMA, y con una cuadrícula flexible, la imagen real puede ser comparada con el mapa para corregir cualquier aberración espacial. Una vez confirmados, la herramienta de TMA convierte los datos en una lista de posiciones, que contiene la ubicación exacta de cada núcleo, así como sus identificadores. El sistema está ahora listo para reubicar cada núcleo y adquirir y analizar las imágenes.

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Sondas de FISH para Tejidos

La compañía MetaSystems Probes produce un completo portafolio de sondas de FISH, que cubre un subconjunto de los loci cromosómicos más relevantes asociados con el desarrollo de sarcomas. Todas las sondas están destinadas a la hibridación en células fijadas en metanol/ácido acético y secciones de tejido fijadas con formalina e incluídas en parafina (FFPE). En combinación con el optimizado kit de pretratamiento TissueFISH, este panel es el complemento perfecto para cualquier dispositivo de MetaSystems para el análisis de tejidos.

En la página web de MetaSystems Probes puede encontrar un listado de las sondas disponibles para FISH en tejidos.

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