Анализ сигналов

RapidScore: Автоматизация подсчёта сигналов в FISH-препаратах

Автоматизированный анализ флуоресцентных сигналов, их слияний и распределений.

Анализ распределения точечных сигналов / точек в клетках или ядрах клеток при FISH-анализе является основой многих аналитических исследований в гематологии и генетике онкологических заболеваний. С помощью автоматизированной системы анализа флуоресцентных сигналов Metafer (MetaCyte) эти распределения анализируются автоматически с высокой точностью и воспроизводимостью. Результаты хранятся вместе с изображениями клеток, они могут отображаться в галерее изображений, в виде гистограмм и диаграмм распределения данных, либо в виде суммарной таблицы в одном из отчётов платформы Neon.

Сверхгибкая архитектура системы обеспечивает настройку практически для любой задачи обработки изображений. Для некоторого анализа сигналы отдельных каналов могут быть объединены, а изображения, полученные в каждом канале, могут обрабатываться индивидуально. Морфология исследуемых клеток, ядер и других объектов может быть точно задана при помощи нескольких параметров выбора клеток. Могут быть измерены более 300 характеристик объектов (например, площадь, форма, интенсивность и распределение сигнала). Результаты такого измерения могут быть рекурсивно использованы для включения других возможностей, так что для каждого отдель1ного изображения может выполняться очень сложный анализ. Все эти параметры сохраняются в классификаторе, формируя стандарт подсчёта для многих следующих экспериментов. После создания, классификатор может быть выбран несколькими простыми щелчками мыши, либо даже запускаться извне (например, из лабораторной системы LIMS или с помощью штрих-кода).

Мощные средства системы Metafer помогуют использовать решения анализа изображений во многих областях деятельности. Токсикологи, микробиологи, патологи, гематологи и многие другие исследователи и клинические специалисты всего мира могут доверять выдающимся характеристикам этой системы.

RapidScore

Система Metafer делает намного больше, чем простой подсчёт сигналов: например, она способна идентифицировать и подсчитывать слияния сигналов из различных цветовых каналов. Таким способом программа имеет возможность анализировать все характеристики сигналов, найденных в образцах, гибридизированных с помощью локус-специфических зондов партнерской компании MetaSystems Probes. Когда речь идет об автоматизации анализа сигналов, часто случается, что человек, ведущий подсчёт, выбирает клетки, которые можно легко интерпретировать, и стремится игнорировать клетки, сложные для интерпретации. Автоматическая система сканирования обеспечивает объективный анализ, учитывая большинство клеток, которые зачастую исключаются при ручном подсчёте. Поэтому во многих лабораториях при работе используются очень низкие пороговые значения атипичности для положительных результатов при наблюдении вручную. В результате таких несоответствий между стратегиями автоматизированного и ручного подсчёта люди тратят значительное время на корректировку результатов, полученных автоматически, либо на исключение клеток, которые не нужны. С системой Metafer это можно делать иначе: компания MetaSystems создала RapidScore (RS), новый метод анализа FISH-сигналов, который объединяет стратегию ручного подсчёта с преимуществами автоматического анализа. В RS Metafer используется для автоматического подсчёта распределения сигналов. Все проанализированные клетки отображаются в галерее. Распределение сигналов показывается в виде графиков и таблиц. Сразу после сканирования врачи, специалисты могут распределить клетки по категориям с безошибочным результатом. Категории назначаются каждой клетке с использованием внешней клавиатуры, и новые классы (категории, группы клеток) могут добавляться в любое время. Слева от результатов автоматического подсчёта на экране отображается пустой расчетный лист, который динамически заполняется по мере ручного назначения клеток по категориям. Увеличенное изображение рассматриваемой необработанной клетки облегчает оценку характеристик сигналов.

Требуется помощь?

FISH-анализ тканей

Система Metafer отлично справляется с FISH анализом единичных клеток, однако может делать значительно больше. К примеру, флуоресцентные сигналы в срезах тканей могут легко анализироваться при помощи специализированного программного интерфейса Metafer.

Прежде всего могут быть использованы многочисленные возможности предварительного сканирования для получения обзорного изображения. Предварительное сканирование может быть даже выполнено на отдельном слайде окрашенным гематоксилин-эозином. Интересующие области могут быть выделены в программе просмотра тканей, а удобный инструмент для работы с TMA-препаратами позволяет проводить анализ с высокой скоростью.

После того, как изображения выбранных регионов или TMA автоматически отсняты, они могут быть загружены в специализированный пользовательский интерфейс. Интересующие клетки быстро выбираются пером на сенсорном экране или с помощью мыши. После выбора автоматически анализируются все FISH-сигналы в выбранных клетках/ядрах. Анализ может включать в себя подсчёт сигналов, а также обнаружение сливающихся сигналов, количественное определение интенсивностей, идентификацию разрывных сигналов и многое другое. Результаты для каждого ядра выводятся совместно с изображением из галереи, что дает возможность немедленно проверить и скорректировать данные. Настраиваемая гистограмма данных обновляется при добавлении в галерею каждого нового ядра. После окончания анализа данные суммируются и распечатываются.

Несмотря на то что выбор ядер производится очень удобным способом, имеются специальные алгоритмы для автоматизированной сегментации ядер. Предварительно сегментированное ядро может быть немедленно включено в анализ касанием пера или щелчком мыши. Набор инструментов специализированной обработки изображений позволяет улучшить изображение перед анализом. Возможно быстрое переключение между оригинальным и обработанным изображением. Эта функциональность позволяет успешно применять Metafer для диагностики солидных опухолей, как на основе обычных срезов, так и на TMA-препаратах.

Требуется помощь?

Downloads