Обработка многоцветных изображений

Многоцветный FISH-анализ в системе Isis

Программное расширение для многоцветного FISH-анализа (mFISH) и многоцветного бэндинга хромосом (mBAND).

Многоцветный FISH анализ используется для точной оценки сложных хромосомных перестроек. Анализ основывается на комбинациях флуорохромов, которые интерпретируются программой анализа. Метод комбинаторной окраски эффективно увеличивает число меток, пригодных для использования, в противном случае число различимых отдельных флуорохромов ограничено 7 или 8.

Многоцветный FISH-анализ

Многоцветный FISH-анализ (mFISH) – это метод, обеспечивающий анализ каждой отдельной хромосомы или частей хромосом в метафазе. Таким образом, маркерные хромосомы, сложные хромосомные перестройки и все многочисленные перестройки можно увидеть одновременно в одном эксперименте. Путём анализа соотношения цветов отдельных пикселей программный модуль mFISH/mBAND компании MetaSystems безошибочно относит любой регион изображения к соответствующему классу хромосом. Метод mFISH на основе фильтрации обеспечивает непосредственную проверку исходных сигналов гибридизации и, таким образом, исключает потребность в дополнительных контрольных экспериментах с обычной окраской хромосом.

Компания MetaSystems предоставляет комплексное решение для mFISH анализа в виде "система плюс реагенты". Набор зондов 24XCyte mFISH состоит из смеси хромосом-специфичных окрашивающих зондов, охватывающих весь геном человека. Существуют также mFISH-наборы для хромосом мыши, крысы и яичников китайского хомячка (CHO) (21XMouse, 22XRat и 12XCHamster).

Универсальные наборы для точного разделения и быстрой классификации хромосом помогают ускорить рабочий процесс. Классификация хромосом производится либо на основе DAPI-бэндинга, либо путем использования комбинаций флуорохромов. Хромосомы, окрашенные mFISH, могут отображаться в трех различных режимах псевдоцветов для улучшения анализа: максимальное насыщение (сплошные цвета), изображение DAPI с перекрытием псевдоцветами и стандартный режим псевдоцветов.

Анализ изображений mFISH в системе Isis производится очень просто, даже в случае сложных аберраций. Инструменты Pixel Info [Информация в пикселе] и Extended Pixel Info [Полная информация в пикселе] отображают класс хромосомы, определенный по выбранному пикселю. Также возможно отобразить относительную схему маркировки. Функция False Color Binary Display [Двоичное отображение псевдоцветов] виртуально преобразует изображение mFISH в последовательность гибридизаций с 3 отдельными хромосомными окрасками. Эта функция призвана облегчить анализ изображений mFISH с многочисленными хромосомными перестройками, которые невозможно идентифицировать "с первого взгляда". Противоречивые сигнатуры цветов при желании можно исключить из классификации. Таким способом легко идентифицируются и подавляются регионы с недостаточной гибридизацией. В отдельном окне Single Color Gallery [Галерея одноцветных изображений] отображаются все пять цветовых каналов для выбранной хромосомы. Дополнительно на экране видны изображение в псевдоцветах, инвертированное изображение DAPI и профили флуорохромов. С помощью окна Single Color Gallery идентификация перестроек происходит чрезвычайно быстро и очевидным образом.

Требуется помощь?

Многоцветный бэндинг

Многоцветный бэндинг хромосом (mBAND), технология собственной разработки компании MetaSystems, в основе своей использует технологию многоцветного FISH анализа (mFISH) и применяет ее для обнаружения внутрихромосомных перестроек. Конкретно, зонды (mBand ДНК-зонды XCyte), помеченные различными пропорциями двух или более флуорохромов, гибридизируются к одной паре хромосом. Каждый зонд состоит из частично перекрывающихся хромосомных цветовых маркеров. Изменение коэффициентов интенсивности флуоресценции вдоль хромосом используется в программном обеспечении Isis для назначения различных псевдоцветов отдельным регионам хромосомы. Результатом является воспроизводимый рисунок бэндинга в псевдоцветах с высоким разрешением, который позволяет идентифицировать и локализовать внутрихромосомные аберрации.

Разрешение рисунка mBAND может изменяться для получения изображения, наиболее подходящего для анализа. Легко достигается разрешение, эквивалентное уровню 550 полос для дифференциальной окраски (G-banding). Рисунок при mBAND-окрашивании не зависит от степени конденсации хроматина. Полосы при mBAND-окрашивании напоминают рисунок при искусственном дифференциальном окрашивании, и с использованием галереи одноцветных изображений Isis могут непосредственно сопоставляться ISCN идеограммам. Такой подход обеспечивает точную локализацию точек разрыва.

Требуется помощь?