Патологическая анатомия и визуализация тканей

  • Оцифровка препарата
  • Цифровая патология и метод FISH
  • Телепатология

Компания MetaSystems разработала систему, которая позволяет внедрить методы FISH, обработки изображений и визуализации в рабочий процесс лабораторий патологии. Интеллектуальное сканирование препаратов, работа в сети и документирование результатов помогают быстрее сформулировать более точный диагноз.

Оцифровка препарата

Широко известная система сканирования Metafer объединяет преимущества моторизованного микроскопа с современной высококачественной обработкой изображений. Поэтому система не ограничена определёнными режимами увеличения или методами контрастирования. Возможна даже автоматическая съёмка Z-стеков, что позволяет производить виртуальную "фокусировку" на оцифрованном препарате.

Оцифровка образцов с помощью системы Metafer производится очень просто. Система автоматически считывает и распознаёт штрих-кодовые метки, и использует декодированную информацию для выполнения интеллектуального многоступенчатого процесса сканирования. Альтернативно, от внешней программы, например, LIMS (Лабораторная система управления информацией), может быть получен установленный протокол обработки изображения. Все изображения доступны сразу же после сканирования, и могут быть открыты на любой рабочей станции при помощи бесплатной программы просмотра.

Хотя, для достижения непревзойдённого качества изображения, виртуальные препараты в системе Metafer составляются из отдельных полей изображения, система работает чрезвычайно быстро. Комбинация камеры высокого разрешения, сверхбыстрой сканирующей аппаратуры и автоматического загрузчика препаратов SlideFeeder x80 делает систему Metafer самой быстрой, и в то же время самой точной системой в своём классе.

Гибкость системы Metafer предопределяет её использование для сложных и специальных задач обработки изображений, в области патологии и за её пределами. Независимо от того, производится визуализация и идентификация диатомовых водорослей с морского дна, или же обнаружение и оцифровка личинок дрозофилы с использованием комбинации в микроскопе флуоресценции и ДИК Номарского – почти невозможно представить область применения, где не могла бы работать система Metafer.

Цифровая патология и метод FISH

Идя навстречу пожеланиям пользователей и менеджеров лабораторий, компания MetaSystems разработала специализированную систему для анализа сигналов FISH в срезах тканей. Ядром решения MetaSystems является комбинация специализированных ДНК-зондов (семейство XT локус-специфических FISH-зондов компании MetaSystems Probes, мишенями которых являются амплификации, делеции или транслокации регионов генов в солидных опухолях) с инновационной системой Neon Metafer.

Процесс анализа основан на мощных аналитических алгоритмах Metafer, расширенных при помощи новой удобной аналитической среды. Пользовательский интерфейс поддерживает как обычное управление мышью, так и интерактивный сенсорный дисплей.

Первый этап цифровой съёмки в светлом поле, например, получение препарата методом гематоксилин-эозинового окрашивания (H&E), выполняется на системе Metafer. Врач открывает цифровое изображение препарата и выбирает на экране регион опухоли, в котором необходимо произвести подсчёт объектов FISH.

Затем FISH-препарат (из последующего среза того же блока) сканируется на малом увеличении для формирования обзорного изображения. Область опухоли, отображаемая рядом с маркированным цифровым изображением H&E, может быть легко перенесена на FISH-препарат.

Теперь система Neon Metafer имеет всю необходимую информацию, чтобы начать автоматическое получение изображения FISH-препарата на большем увеличении. Ядра клеток, расположенных по отдельности или слегка перекрывающихся, будут автоматически сегментированы и учтены при подсчёте.

Инструменты ручной сегментации помогают разделять касающиеся ядра для прямого автоматического подсчёта до тех пор, пока не будет достигнуто предустановленное число клеток, которые следует проанализировать. Этот модуль может быть легко настроен в соответствии с индивидуальными стандартами анализа. Например, можно определить минимальное число клеток, которые должны быть проанализированы, а также задать число независимых исследователей.

Для окончательного анализа система предоставляет врачу полный обзор, содержащий галерею клеток с результатами подсчёта, виртуальный препарат DAPI, на котором показаны положения анализируемых клеток, и соответствующий виртуальный препарат H&E. Возможно обратное отслеживание каждой клетки на участке ткани, чтобы подтвердить её расположение в предварительно выбранной области опухоли. Окончательные результаты могут быть либо экспортированы в виде необработанных данных, что позволит обработку другими программами, либо суммированы в детальный отчёт, допускающий пользовательскую настройку.

Телепатология

После того, как произведено преобразование патологического образца в цифровой формат, его можно легко передать для анализа другим специалистам. Формат файла изображения системы Metafer делает это даже более удобно: в нём содержится некоторая дополнительная информация, например, о плоскостях фокусировки, об анализируемых клетках и сигналах, комментарии, и многое другое. Поэтому любой специалист, получивший доступ к этому файлу, и открывший его в программе просмотра, может увидеть всю эту информацию. Дополнительные важные данные об изображении и метаданные хранятся в цифровом виде; они могут быть доступны для проверки в любое время.

Но системы MetaSystems могут сделать для патолога ещё больше: как насчёт совместного использования данных со своими заграничными коллегами? Как насчёт обучения студентов из дома? Как насчёт совместного использования галереи интересных случаев?

База данных виртуальной микроскопии Virtual Microscope Database (VMD) представляет собой программное решение, доступное через браузер, для вывода цифровых изображений препаратов. Для доступа к базе данных изображений не требуется ни дополнительной аппаратуры, ни программ – только действительная учётная запись пользователя, выданная администратором. Можно загружать, просматривать изображения, и записывать к ним комментарии в реальном времени. Метаданные могут быть введены авторизованным пользователем в настраиваемые формы. Встроенный модуль проведения конференций позволяет проводить коллективные сессии по одному изображению, включая удобные функции IRC.

База данных VMD обладает высокой безопасностью, поскольку все пользователи имеют определенные роли и соответствующие права доступа (например, супервизоры, работники, пользователи с доступом только на чтение). Данные объединены в группы, и только авторизованные пользователи имеют права доступа и даже видимости для каждой из групп. Таким образом многочисленные пользователи могут совместно использовать один сервер VMD, не мешая друг другу.

Требуется помощь?

Связаться с нами »

Свяжитесь напрямую с MetaSystems или найдите ближайшего к вам партнёра MetaSystems.