Analyse de signaux

RapidScore: Comptage automatique de signaux en fluorescence

Analyse automatique de signaux de fluorescence, de fusion de signaux et comptage automatique de spots FISH

L'analyse de signaux fluorescence sur métaphase ainsi que le comptage de spots FISH sur noyaux interphasiques constituent les analyses de base en hématologie comme en cytogénétique. L'application d'analyse de signaux de fluorescence MetaCyte présent sur la plateforme Metafer, permet une analyse automatique précise et reproductible de ces signaux. Les résultats sauvegardés avec les images correspondantes des noyaux interphasiques et des métaphase, sont affichés dans la galerie d'images, sous forme d'histogramme et de diagramme ou bien dans un tableau récapitulatif contenu dans les rapports précis de Neon.

L'architecture ultra-flexible du système permet d'aborder toute tâche d'imagerie. Différents canaux de couleur peuvent être combinés en un type d'expérience et les images obtenues dans chaque canal peuvent être traitées individuellement. La morphologie des cellules cibles, des noyaux ou d'autres objets peuvent être précisément définis à l'aide d'un certain nombre de paramètres pour la sélection des cellules ou noyaux. Plus de 300 caractéristiques définissant les objets (comme la surface, la forme, l'intensité et la distribution des signaux) peuvent être mesurés. Les résultats de telles mesures peuvent servir récursivement à déclencher la définition d'autres caractéristiques permettant des analyses très complexes d'une image unique. Tous ces paramètres peuvent être rassemblés dans un classifieur bien précis, contenant les réglages de comptage standard pour maintes expériences futures. Ce classifieur peut être sélectionné à l'aide de quelques cliques de souris ou bien même choisi à l'aide d'un code barres ou d'une banque de données externe.

Les applications puissantes de Metafer apportent des solutions d'analyse d'images dans maints secteurs de travail. Toxicologues, microbiologues, pathologues, hématologues et bien d'autres chercheurs et cliniciens du monde entier s'appuient sur les caractéristiques exceptionnelles de ce système.

RapidScore

Metafer est capable de procéder à des comptages de signaux plus complexes comme l'identification et le comptage de signaux de fusion obtenus dans plusieurs canaux de couleur différents. Le logiciel peut ainsi analyser tous les constellations possibles de signaux présents dans des spécimens hybridés avec les Sondes MetaSystems spécifiques d'un locus donné. En cas d'analyse automatique de signaux, il peut arriver que l'utilisateur pré-sélectionne les objets faciles à analyser et donc à interpréter sans prendre en compte les objets plus difficiles à interpréter. Le système de scan automatique permet une analyse objective en trouvant les objets qui seraient ignorés par un comptage manuel. Ainsi plusieurs labos ont l'habitude de travailler avec des valeurs de seuil très basses pour les signaux positifs. En conséquence de cette discordance entre comptage automatique et comptage manuel, les utilisateurs passent un temps assez long pour corriger les résultats obtenus par comptage automatique ou même pour rejeter des objets non désirés. Une nouvelle application de Metafer appelée RapidScore (RS), nouvelle méthode d'analyse de signaux FISH, combine les avantages d'un comptage manuel et d'un comptage automatique. RS utilise la fonctionnalité de comptage automatique de Metafer. Tous les objets sont affichés dans une galerie. Les résultats du comptage de signaux trouvés sont récapitulés dans un diagramme approprié et dans un tableau. Immédiatement après le scan, les techniciens peuvent commencer à catégoriser les cellules montrant des résultats douteux. Une catégorie est assignée à chaque cellule à l'aide d'un clavier externe et il est possible à tout instant de créer de nouvelles catégories (groupe de cellules possédant la même constellation de signaux fluorescence). Une feuille vide de comptage de signaux se trouvant à gauche de celle des comptages automatiques affiche de façon dynamique les résultats obtenus manuellement au fur et à mesure que la catégorisation se fait. Une image agrandie de la cellule en cours de catégorisation permet une évaluation plus aisée du nombre des signaux de fluorescence.

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Tissue FISH

Metafer fournit un outil très puissant pour l'analyse des signaux FISH non seulement dans des noyaux interphasiques mais aussi dans des coupes de tissus.

Tout d'abord plusieurs options de pré-scan sont disponibles afin de fournir des vues d'ensembles de l'échantillon à analyser. Des pré-scans peuvent être aussi effectués sur des régions colorées H&E. Les régions d'intérêt sont ensuite marquées à l'aide d'un logiciel visionneur et reportées sur la vue d'ensemble de la coupe de tissus marquée avec de la fluorescence. Un outil très approprié pour éditer des Tissue Micro Arrays (TMA) permet des analyses à haut rendement.

Une fois les images des régions sélectionnées dans les coupes de tissus ou dans les TMAs saisies automatiquement, celles-ci peuvent être chargées pour l'analyse consécutive. Les cellules/noyaux d'intérêt sont sélectionnées/és rapidement à l'aide d'un stylet ou de la souris. Ensuite tous les signaux FISH y appartenant sont analysés automatiquement. L'analyse peut comprendre non seulement le comptage de signaux mais aussi la détection de fusion de signaux, la quantification des intensités, l'identification de signaux divisés et plus encore. Les résultats pour chaque noyau sont affichés en même temps qu'une galerie d'images, ceci permettant un contrôle immédiat et une correction si nécessaire de ces résultats. L'histogramme des résultats est actualisé automatiquement chaque fois qu'un noyau est ajouté à la galerie. A la fin de l'analyse, toutes les données sont récapitulées et peuvent être imprimées.

Bien que la sélection des noyaux est effectuée de façon très confortable, des algorithmes spéciaux permettent une segmentation automatique des noyaux. Les noyaux ainsi pré-ségmentés peuvent être inclus dans la galerie à l'aide du stylet ou de la souris. Un ensemble d'outils dédiés au traitement d'images permet l'amélioration des images avant l'analyse. Il est possible de basculer très aisément entre l'image originale et l'image traitée. Grâce à sa fonctionnalité multiple, Metafer a pu être utilisé avec succès dans le diagnostic de tumeurs solides que ce soit en coupes de tissus conventionnelles ou en préparation TMA.

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