Pathologie et Analyse d'images sur tissus

  • Numérisation de prélèvements
  • Pathologie numérique et FISH
  • Télépathologie

MetaSystems a conçu un système d'imagerie FISH et de visualisation pouvant être intégré dans l'organisation quotidienne du travail dans des labos de pathologie. Un système de balayage de lames astucieux, de mise en réseau et de documentation de résultats permettent d'obtenir des diagnostics plus rapides et de meilleure qualité.

Numérisation de prélévements

Metafer, la plateforme de balayage renommée combine les avantages d'un microscope motorisé avec une imagerie automatique moderne et de haute qualité. Ainsi l'analyse d'un prélèvement à l'aide de ce système n'est pas réduite à un certain grossissement ou à certains modes de contraste. Des saisies peuvent être effectuées automatiquement en profondeur étendue, ceci permettant un examen virtuel de toute la profondeur du prélèvement numérisé.

La numérisation de prélèvement avec Metafer est très simple. Le système lit automatiquement et interprète des étiquettes code barres et utilise l'information cryptée pour effectuer aisément des étapes de scan multiple. Une autre possibilité consiste à récupérer des protocoles d'imagerie provenant de banques de données externes, par ex. comme LIMS. Toutes les images acquises après le scan sont immédiatement accessibles à partir de chaque poste de travail et peuvent être ouvertes à l'aide du logiciel gratuit visionneur.

Le système d'imagerie virtuelle fonctionne très rapidement malgré le "stitching" des lames virtuelles de Metafer à partir de champs d'images individuels générant une image de qualité incomparable. Grâce à la combinaison d'une caméra haute-résolution avec des composants hardware de scan ultrarapide, sans oublier le SlideFeeder x80 de haute capacité, Metafer est le système le plus précis et le plus rapide de son genre.

La flexibilité de Metafer le prédestine à être utilisé pour des tâches d'imagerie complexes et particulières en pathologie comme dans d'autres domaines. Qu'ils s'agissent de la visualisation et de l'identification d'images diatom du fond marin ou de la détection des larves de mouches à fruit et de leur digitalisation grâce à une combinaison de contraste de phase Normarski avec de la fluorescence, Metafer possède un répertoire d'applications capable de répondre à tout besoin.

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Pathologie digitale et FISH

En se basant sur les souhaits de ses clients et des directeurs de laboratoire, MetaSystems a développé un système spécialisé pour analyser des signaux FISH dans des coupes de tissus. La solution de base de MetaSystems consiste de l'association de sondes ADN (Sondes ADN de MetaSystems, gamme XL de sondes FISH locus spécifiques d'amplifications de cible, délétions ou translocations de régions de gènes impliqués dans des tumeurs solides) avec la plateforme innovative Metafer Neon.

Le flux de travail d'analyse a pour base l'outil puissant d'analyse de Metafer amélioré par un nouvel environnement d'analyse approprié. L'interface utilisateur supporte ou bien les fonctions conventionnelles de souris ou bien l'écran interactif optionnel.

Dans un premier temps une lame par ex. colorée par H&E est générée en champ clair par Metafer Neon. Le pathologue charge alors la lame virtuelle et sélectionne sur l'écran la région de la tumeur devant être analysée par la méthode FISH.

La lame FISH (obtenue par une coupe consécutive dans le même bloc) sera ensuite balayée à faible grossissement et une vue d'ensemble sera ainsi générée. Grâce à l'affichage cote à cote avec l'image de la lame H&E la région de tumeur peut être aisément repérée sur la lame FISH.

Metafer Neon possède maintenant toute l'information nécessaire pour démarrer la saisie automatique de l'image à fort grossissement à partir de la lame FISH. Le comptage des spots de fluorescence s'effectue sur les noyaux isolés et sur ceux s'atouchant légèrement qui vont être séparés automatiquement. Des outils manuels de segmentation permettent de séparer les noyaux s'atouchant afin de procéder immédiatement au comptage des signaux jusqu'à ce que le nombre de noyaux devant être analysés soit atteint. Il est possible de régler le module pour des standards individuels d'analyse. Par exemple, il est possible de définir un nombre minimum de noyaux à être analysés ainsi qu'un nombre d'examinateurs indépendants.

Le système présente pour une analyse finale au pathologiste un résumé comprenent la galerie des noyaux avec les résultats de comptage, la lame virtuelle DAPI montrant les positions des noyaux analysés et la lame virtuelle marquée en H&E correspondante. Chaque noyau peut être retrouvé sur la coupe de tissu, sa location sur la région de tumeur présélectionnée peut être ainsi confirmée. Les résultats finaux peuvent être exportés en tant que données brutes pouvant être traitées par un logiciel externe ou bien présentées dans un rapport personnalisable.

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Télépathologie

Une fois qu'un objet d'analyse de pathologie est numérisé, il peut être aisément partagé avec d'autres examinateurs. Le format du fichier image Metafer rend ceci encore plus pratique: en effet le fichier contient plusieurs informations supplémentaires, comme le nombre de plans de mise au point, les noyaux et signaux analysés, les annotations et plus encore. Ainsi chaque collègue ayant accès à ce fichier peut voir toutes ces informations en ouvrant l'image sur le visionneur. De plus les images importantes ainsi que les meta- données sont stockées digitalement et peuvent être récupérées à tout moment à des fins d'analyse.

MetaSystems offre encore plus de possibilités pour le pathologiste: par exemple comment partager vos données avec des collègues situés à l'extérieur ou comment instruire vos étudiants depuis chez vous ou comment partager une galerie de dossiers intéressants?

Le Virtual Microscope Database (VMD), un logiciel navigateur, fournit une solution pour l'affichage d'images du prélèvement numérisé. Aucun autre logiciel ou hardware est nécessaire pour accéder à la banque de données images; en effet, il faut juste un compte utilisateur valide fourni par l'administrateur. Des images peuvent être chargées, visualisées et annotées en ligne. Des metadonnées peuvent être entrées de façon personnalisable par n'importe quel utilisateur autorisé à le faire. Le module intégré de conférence permet des sessions collectives de travail sur la même image, grâce à un protocole IRC.

VMD est hautement sécurisé dû au fait que tous les utilisateurs possèdent des droits d'accès (comme supervisors, workers, read-only users) ainsi que des rôles bien définis. Les données sont organisées par institut et chaque institut est seulement visible et accessible pour les utilisateurs autorisés. Ceci permet l'usage du même serveur VMD par plusieurs groupes sans aucun risque d'interférence.

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