Pathologie et Analyse d'images sur tissus

  • Digitalisation de prélévements
  • Pathologie numérique et FISH
  • Télépathologie

MetaSystems a conçu un système d'imagerie FISH comportant des outils d'analyse et de visualisation pouvant être intégrés dans l'organisation quotidienne du travail dans des laboratoires de pathologie. Un système astucieux de balayage et numérisation de lames, de mise en réseau et de documentation de résultats permettent d'obtenir des diagnostics plus rapides et de meilleure qualité.

Digitalisation de prélévements

Metafer, la plateforme de scan renommée combine les avantages d'un microscope motorisé avec une imagerie automatique moderne et de haute qualité. Ainsi l'analyse d'un prélèvement à l'aide de ce système n'est pas réduite à un certain grossissement ou à certains modes de contraste. Des saisies peuvent être effectuées automatiquement en profondeur étendue, ceci permettant un examen virtuel de toute la profondeur du prélèvement numérisé.

La numérisation de prélèvements avec Metafer est très simple. Le système lit automatiquement et interprète des étiquettes code barres et utilise l'information cryptée pour effectuer aisément des étapes de scan multiples. Une autre possibilité consiste à récupérer des protocoles d'imagerie provenant de banques de données externes, comme par ex. LIMS. Toutes les images acquises aprés le scan sont immédiatement accessibles à partir de tous les postes de travail et peuvent être ouvertes à l'aide du logiciel de visionnage gratuit.

L'obtention d'images virtuelles est très rapide malgré le processus de "stitching" à partir de champs d'images individuels, générant une image de qualité incomparable. Grâce à la combinaison d'une caméra haute-résolution avec des composants matériels de scan ultrarapides, sans oublier le SlideFeeder x80 de haute capacité, Metafer est le système le plus précis et le plus rapide de son genre.

La flexibilité de Metafer le prédestine à être utilisé pour des tâches d'imagerie complexes et particulières en pathologie comme dans d'autres domaines. Qu'ils s'agissent de la visualisation et de l'identification d'images de diatomées du fond marin ou de la détection des larves de mouches à fruit et de leur digitalisation grâce à une combinaison de contraste de phase Normarski avec de la fluorescence, Metafer possède un répertoire d'applications capable de répondre à tout besoin.

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Pathologie digitale et FISH

En se basant sur les souhaits de ses clients et des directeurs de laboratoire, MetaSystems a développé un système spécialisé pour analyser des signaux FISH dans des coupes de tissus. La solution de base de MetaSystems consiste de la combinaison de sondes ADN (Sondes ADN de MetaSystems, gamme XT de sondes FISH locus spécifiques d'amplifications, délétions ou translocations de gènes impliqués dans des tumeurs solides) avec la plateforme innovante Metafer Neon.

Le flux de travail d'analyse a pour base l'outil puissant d'analyse de Metafer amélioré par un nouveau et pratique environnement d'analyse. L'interface utilisateur supporte aussi bien les fonctions conventionnelles via la souris que via l'écran interactif optionnel.

Dans un premier temps une lame par ex. colorée par H&E est générée en champ clair par Metafer Neon. Le pathologue charge alors la lame virtuelle et sélectionne sur l'écran la région de la tumeur devant être analysée par la méthode FISH.

La lame FISH (obtenue par une coupe consécutive dans le même bloc) sera ensuite scannée à faible grossissement et une vue d'ensemble sera ainsi générée. Grâce à l'affichage cote à cote avec l'image de la lame H&E, la région de tumorale peut être aisément repérée sur la lame FISH.

Metafer Neon possède maintenant toute l'information nécessaire pour démarrer la saisie automatique de l'image à fort grossissement à partir de la lame FISH. Le comptage des spots de fluorescence s'effectue sur les noxaux isolés et sur ceux s'attouchant légérement qui vont être séparés automatiquement. Des outils manuels de segmentation permettent de séparer les noyaux s'attouchant afin de procéder immédiatement au comptage des signaux jusqu'à ce que le nombre de noyaux devant être analysés soit atteint. Il est possible de régler le module pour des standards individuels d'analyse. Par exemple, il est possible de définir un nombre minimum de noyaux à être analysés ainsi qu'un nombre d'examinateurs indépendants.

Le système présente pour une analyse finale au pathologiste un résumé comprenant la galerie des noyaux avec les résultats de comptage, la lame virtuelle DAPI montrant les positions des noyaux analysés et la lame virtuelle marquée en H&E correspondante. Chaque noyau peut être retrouvé sur la coupe de tissu, sa location sur la région tumorale présélectionnée peut être ainsi confirmée. Les résultats finaux peuvent être exportés en tant que données brutes pouvant être traitées par un logiciel externe ou bien présentées dans un rapport personnalisable.

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Télépathologie

Une fois qu'une lame de pathologie est digitalisée, elle peut être aisément partagée avec d'autres examinateurs. Le format du fichier image Metafer rend ceci encore plus pratique: en effet le fichier contient plusieurs informations supplémentaires, comme le nombre de plans de mise au point, les noyaux et signaux analysés, les annotations et plus encore. Ainsi chaque collègue ayant accès à ce fichier peut voir toutes ces informations en ouvrant l'image sur le visionneur. De plus les images importantes ainsi que les méta-données sont stockées numériquement et peuvent être récupérées à tout moment à des fins d'analyse.

MetaSystems offre encore plus de possibilités pour le pathologiste: par exemple comment partager vos données avec des collègues situés à l'extérieur ou comment instruire vos étudiants depuis chez vous ou comment partager une galerie de dossiers intéressants?

LeVirtual Microscope Database (VMD), un logiciel navigateur, fournit une solution pour l'affichage d'images du prélévement digitalisé. Aucun autre logiciel ou hardware est nécessaire pour accéder à la banque de données images; en effet, il faut juste un compte utilisateur valide fourni par l'administrateur. Des images peuvent être chargées, visualisées et annotatées en ligne. Des méta-données peuvent être entrées de facon personnalisable par n'importe quel utilisateur autorisé à le faire. Le module intégré de téléconférence permet des sessions collectives de travail sur la même image, grâce à un protocole IRC.

VMD est hautement sécurisé dû au fait chaque utilisateur posséde des droits d'accès (comme superviseurs, opérateurs, en lecture seule) et des rôles bien définis. Les données sont organisées par institut et chaque institut est seulement visible et accessible pour les utilisateurs autorisés. Ceci permet l'usage du même serveur VMD par plusieurs groupes sans aucun risque d'interférence.

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