Imagem de Tecidos

Digitalização de amostra, Análise e Compartilhamento

Combine soluções de digitalização inteligentes e completas com uma flexibilidade excepcional.

Com a plataforma de escaneamento de lâminas Metafer, a MetaSystems também oferece uma importante ferramenta para digitalizar, analisar e compartilhar amostras microscópicas maiores, como seções de tecido. Utilizando algoritmos sofisticados e softwares dedicados para a composição de imagens maiores (VSlide), cópias digitais de alta qualidade de uma lâmina são geradas. Essas imagens podem fornecer pilhas de foco, metadados com informações sobre a localização das células e sub imagens de diferentes origens. Em um visualizador gratuito (VSViewer), os usuários podem criar suas próprias anotações, gerar capturas de tela a partir da imagem principal, exibir canais de cores diferentes separadamente na mesma tela e aplicar algoritmos de aprimoramento de contraste. As ferramentas do Metafer permitem que os usuários interpretem as diferentes cores do tissue micro-array ou combinem seções de tecido consecutivas. O Neon integra todos os componentes do fluxo de trabalho e acompanha todo processo.

Digitalização de Amostras

O VSlide combina as vantagens de um microscópio motorizado com uma automação de imagem moderna e de alta qualidade. O sistema não é restrito em relação a ampliações ou modos de contraste. Pode-se tirar proveito de qualquer recurso de microscópio e combinar métodos diferentes para um fluxo de trabalho de digitalização inteligente. Até mesmo os Z Stacks são adquiridos e armazenados automaticamente nos arquivos de imagem para que os usuários possam focar virtualmente através da amostra digitalizada.

Fazer imagens com Metafer é muito fácil. O sistema lê e interpreta automaticamente os códigos de barras e configura a varredura de acordo com as informações do código. As pré digitalizações facilitam a detecção de tecidos em campo claro, luz transmitida, campo escuro ou qualquer outro método contrastante. Uma varredura de alta resolução pode ser adicionada automaticamente, com base nos dados espaciais obtidos na pré-varredura, ou em regiões selecionadas, interativamente determinadas pelo pesquisador.

Metafer’s virtual slide image is generated automatically in the background while the system scans. Parameter sets define the employed color channels and the file format of the final image. Since the source image files are kept on the system, new virtual slides with other parameters can be re-created anytime. Metafer users can choose from a variety of output file formats, including the comprehensive, proprietary VSI format. VSI images contain all relevant image information including color channel details, focus stacks, and annotations. In the local network, VSI images are read with the versatile viewing software (VSViewer).

Once a VSI file is created, all the spatial information of the image tiles originally acquired remains accessible. This allows for precise relocation of any sample region under the microscope. Also subsequent acquisitions of selected regions with different techniques are possible. This unique feature allows for setting up an unlimited number of smart workflows. Regions of interest (e.g., tumor regions in an H&E section) can be easily marked in the viewing software. Once a list of target regions is available, they can be re-scanned anytime with other magnifications, contrasting methods, or other scanning parameters. The selection of regions can even be done remotely, and the tissue matching tool of Metafer facilitates the transfer of the regions to another sample, e.g., for imaging the same region in subsequent tissue sections.

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Visualizador

O software de visualização gratuito para amostras digitalizadas criadas pelo Metafer (VSViewer) pode ser instalado em qualquer computador Windows com acesso de rede aos dados da imagem. A interface do usuário moderna e simplificada oferece todas as ferramentas habituais de visualização, acessiveis por barras de ferramentas que podem ser ocultas, minimizadas, encaixadas no canto da janela ou organizadas livremente na área de trabalho.O movimento panorâmico e o zoom são feitos com o mouse e a roda do mouse.

O visualizador tem muitas opções para exibir os metadados da imagem. Por exemplo, as coordenadas atuais do Metafer podem ser visualizadas como grades na imagem. Além disso, a localização dos campos de visão (FOV), ou seja, as imagens individuais originais da câmera, pode ser mostradas como uma sobreposição na imagem. A barra de navegação na parte inferior da tela sempre fornece informações sobre o local da amostra atualmente mostrado. Isso inclui a ampliação atual, o fator de zoom, o nível de foco (se a imagem atual possuir um "Z-Stack") e a coordenada Metafer do centro da janela. Os botões de acesso rápido permitem selecionar uma determinada ampliação, visualizar a imagem completa e acessar os níveis de foco. Obviamente, também há uma barra de ferramentas do navegador mostrando uma miniatura da imagem inteira e um indicador da seção atual.

Duas barras de ferramentas de anotação facilitam o destaque das regiões de interesse. A barra de ferramentas 'Scan Region' é usada para preparar a próxima digitalização de uma parte selecionada da amostra. Uma seleção rápida da região de destino gera um arquivo de anotação que é lido diretamente pelo Metafer. A barra de ferramentas "Annotations" oferece uma gama abrangente de ferramentas para anotar e destacar itens na imagem. Se a imagem atual se originar de uma pesquisa de objeto no Metafer, é possível visualizar os objetos detectados dentro de sua vizinhança original e agrupá-los por qualquer resultado de análise obtido.

A janela da imagem pode ser dividida em até quatro seções acopladas. Com a barra de ferramentas "Channels", é possível atribuir diferentes parâmetros de exibição para cada sub-janela. Portanto, é possível visualizar a mesma parte da imagem com diferentes canais de cores, sobreposições e contrastes. Além disso, é possível abrir duas imagens diferentes, por exemplo, de seções de tecido subsequentes, em duas instâncias de software visualizador que também podem ser acopladas para imagem panorâmica e zoom.

Qualquer visualização pode ser exportada para formatos de arquivo de imagem padrão (TIFF, JPG, BMP, GIF) como uma fotografia. As fotografias podem conter dados adicionais, como uma régua de ampliação, anotações, indicações de FOV e até um comentário. Além disso, as imagem extraidas podem ser definidos de forma interativa ou por suas coordenadas.

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Análise e Tecidos

A MetaSystems projetou um sistema de ferramentas de hibridação e imagem para serem integradas ao fluxo de trabalho de rotina dos laboratórios de patologia. O núcleo deste sistema é a combinação de sondas de DNA dedicadas para seções de tecidos com a inovadora plataforma Metafer, um sistema de digitalização de lâminas flexível e robusto.
Sondas MetaSystems da linha
XL de sondas de locus-específico de DNA de fluorescência in situ para amplificação de gene de FISH em tecido , deleções ou translocações envolvidas em tumores sólidos (por exemplo, ALK, EGFR, HER2 / neu, MYC e muitos mais). Sinais intensos auxiliam na interpretação das seções de tecido. A plataforma de digitalização Metafer gera automaticamente lâminas virtuais em campo claro e fluorescência, adquire imagens de FISH em alta resolução e fornece um "score" de FISH automático. Equipado com um leitor de código de barras automatizado e o robusto SlideFeeder x80 para até 800 lâminas, ele pode trabalhar 24 horas por dia.

  1. Como passo inicial, uma lâmina virtual em campo claro, por exemplo de Hematoxilina e Eosina (H&E) é gerada pelo Metafer. O patologista acessa essa lâmina virtual e seleciona na tela do computador a região do tumor que deve receber a análise por FISH.
  2. Em seguida, a lâmina de FISH (de uma seção subsequente do mesmo bloco) é digitalizada em baixa ampliação para gerar uma visão geral. Exibida lado a lado com a imagem digital de H&E marcada anteriormente, a região do tumor pode ser facilmente transferida para a lâmina de FISH.
  3. O Metafer possui agora todas as informações para iniciar a aquisição automática de imagens da lâmina de FISH com maior ampliação. Os núcleos celulares isolados ou ligeiramente conectados serão separados automaticamente e analisados. As ferramentas manuais para segmentação ajudam a separar os núcleos tocantes, para pontuação automática imediata até que o número predefinido de células a serem analisadas seja atingido. O módulo do software pode ser facilmente configurado para corresponder aos padrões de análise individuais. Por exemplo, é possível definir um número mínimo de células a serem analisadas e também um número de leitores independentes.
    Mais informações sobre a análise de sinais nas seções de tecidos podem ser vistas aqui.
  4. Para revisão final, o sistema apresenta um resumo completo ao patologista, incluindo a galeria de células com os resultados da pontuação, uma lâmina virtual com as posições dos núcleos em DAPI mostrando as posições das células analisadas e a lâmina virtual correspondente de H&E. Cada célula pode ser rastreada até a seção de tecido para confirmar sua localização na região pré-selecionada do tumor.
  5. Os resultados finais podem ser exportados como dados brutos, por exemplo, para serem processados ​​posteriormente por software externo ou podem ser resumidos em relatórios abrangentes e adaptáveis ​​ao usuário.
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Tissue Micro-Arrays

A natureza trabalhosa dos procedimentos, a escassez de material de amostra e as limitações no custo dos reagentes para diagnósticos na patologia clínica de rotina aumentaram o interesse em soluções de alto rendimento. A técnica de "tissue micro-array" (TMA) aborda esses problemas, obtendo pequenos núcleos de tecidos de regiões de interesse em tecidos embebidos em parafina, montando-os de maneira semelhante a matriz em uma lâmina de vidro padrão para microscopia. Cada um desses núcleos representa um caso de análise independente.

Devido ao layout especial das amostras, a automação do TMA deve ser feita com base nas seguintes considerações:

  • A análise deve levar em consideração o layout geral do TMA,
  • Deve ser possível corrigir contorções, rotações ou outras aberrações espaciais geradas durante a preparação das lâminas,
  • Cada núcleo de TMA deve ser claramente identificável por uma etiqueta,
  • Os resultados da análise devem ser separáveis para que os dados possam ser atribuídos ao núcleo específico.

Com a combinação exclusiva dos recursos de escaneamento do Metafer, a ferramenta integrada para análise TMA e o software de digitalização de amostras, a MetaSystems oferece um pacote completo para análises automatizadas TMA, que trabalha de maneira precisa e sem esforço. Depois que um microarray de tecido (TMA) é criado, seu layout pode ser expresso com o número de núcleos de tecidos por linha, número de linhas na matriz, diâmetro dos núcleos de tecidos e a distância dos núcleos. Na ferramenta Metafer TMA integrada, esses valores podem ser usados para gerar um arquivo de mapa de TMA que é usado como base para a análise. Além disso, cada núcleo de tecido pode receber uma identificação exclusiva.

Uma pré-digitalização rápida com baixa magnificação é usada para gerar um mapa da lâmina. O resultado da pré-digitalização é exibido lado a lado com o mapa do TMA e, com uma grade flexível, a imagem real pode ser ajustada ao mapa, a fim de corrigir quaisquer aberrações espaciais. Núcleos de tecidos ausentes ou inválidos podem ser marcados nesta interface. Na confirmação, a ferramenta TMA converte os dados em uma lista de posições, que contém as posições exatas de cada núcleo de tecido e seus identificadores. Nesta etapa o sistema está pronto para re-localizar cada núcleo de tecido, adquirir e analisar as imagens. Se o software de geração de lâmina virtual estiver disponível, as imagens serão automaticamente compostas em segundo plano e uma imagem geral de todo o TMA será gerada.

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Sondas para Seções de Tecidos

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